Un protocollo di sorveglianza sanitaria è l'insieme delle visite mediche, delle indagini specialistiche e di laboratorio, delle informazioni sanitarie e dei provvedimenti adottati dal medico competente, al fine di garantire la protezione sanitaria dei lavoratori nei confronti del rischio lavorativo.
Questa funzione di gestione, è accessibile dal menù ANAGRAFICHE cliccando su Protocolli sanitari. 
Per inserire un nuovo protocollo sanitario, cliccare sul tasto 
; per selezionare un protocollo già esistente, per esempio per apportare delle modifiche, cliccare dall'elenco a tendina il nome del protocollo prescelto oppure parte del nome del protocollo.
La maschera si compone di diverse aree:
- Anagrafica - dove viene inserito il nome del protocollo sanitario e il codice (facoltativo) premere il pulsante Salva, prima di immettere le altre sezioni.
- Prestazioni – vengono inserite in questa sezione le prestazioni che sono richieste per l'applicazione del protocollo corrente. La prestazione viene selezionata, tramite il menù a tendina, tra quelle gestite dalla funzione Prestazioni, precedentemente trattata. Occorre inoltre specificare la quantità, nella casella numero e l' unità di misura adottata, oltre alla cadenza necessaria per la preparazione del piano di visite e il retraining (riqualificazione) per il lavoratore.
- File Allegati – vengono inseriti degli allegati, tramite l'utility di caricamento da file esterni
- Documenti correlati – in questa sezione si inseriscono i documenti di origine interna che guidano l'espletamento del protocollo sanitario corrente.
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